不必要なnamespace

<xsl:copy-of select="atom:content/xhtml:div/node()"/>

この場合のアウトプットは

<a xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" href="#">リンクだよ</a>
<strong xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">強調だよ</strong>

って感じで、XSLTを

<xsl:copy-of select="atom:content/xhtml:div"/>

こう書くとアウトプットが

<div xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  <a href="#">リンクだよ</a>
  <strong>強調だよ</strong>
</div>

ってなる。